Mina Ashiro tombe sous les griffes du Kaiju n° 9 après son apparition à Tachikawa. Kafka part à sa rescousse, mais des daikaiju apparaissent à plusieurs endroits de la ville, entravant sa progression. La situation se complique encore lorsqu'il détecte une nouvelle présence de kaiju et qu'une entité inédite se révèle !